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Coronavirus - Covid 19


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il y a 59 minutes, herciv a dit :

Surtout qu'elle et la maire de Marseille et le président de région freinent des quatres fer depuis au moins trois semaines pour que ni l'ARS ni la préfecture ne prennent de mesures trop visibles.

« Ils nous sanctionnent » : la maire de Marseille « en colère » après la décision de fermer bars et restaurants dans sa ville

https://www.nouvelobs.com/coronavirus-de-wuhan/20200924.OBS33780/ils-nous-sanctionnent-la-maire-de-marseille-en-colere-apres-la-decision-de-fermer-bars-et-restaurants-dans-sa-ville.html

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Il y a 2 heures, Teenytoon a dit :

S’il y a moins de mort c’est moins dangereux. Je ne présume pas des causes. 

Ce dont tu parles c’est la virulence. Pas la dangerosité. 

Si demain on trouve un traitement efficace à 100 %, il ne sera plus dangereux. 

En fait, l'une des probables raisons principaux de la baisse de la mortalité du virus aujourd'hui est que les services hospitalières ne sont pas saturé comme au printemps. Si le nombre de cas continue d'augmenter, le taux de mortalité risque de repartir à la hausse rapidement.

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@koojisensei2

il y a 17 minutes, koojisensei2 a dit :

est que les services hospitalières ne sont pas saturé

Tu aurais dû dire "ne sont pas encore tous sâturé. "

Non ce que tu aurais pû dire c'est que les équipes des hôpitaux savent beaucoup mieux orienter les prises en charges des patients en fonction de leur profil qu'en mars ce qui est est l'exact réalité.

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il y a 18 minutes, herciv a dit :

@koojisensei2

Tu aurais dû dire "ne sont pas encore tous sâturé. "

Non ce que tu aurais pû dire c'est que les équipes des hôpitaux savent beaucoup mieux orienter les prises en charges des patients en fonction de leur profil qu'en mars ce qui est est l'exact réalité.

Oui, j'ai cru comprendre que nous dosons également mieux les médicaments, surtout pour ce qui concerne les médicaments à base de cortïsone

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Le 23/09/2020 à 11:01, Wallaby a dit :

https://www.7sur7.be/monde/le-coronavirus-pourrait-avoir-ete-endigue-en-suede-grace-a-l-immunite-de-groupe~a505002c/ (21 septembre 2020)

Selon une étude récente de Tom Britton, de l’université de Stockholm, 43% pourraient suffire pour l’immunité de groupe, si ce sont avant tout les personnes les plus sociales et les plus actives qui sont infectées. 

Selon l’expert danois Kim Sneppen de l’Institut Niels Bohr de Copenhague, l’immunité de groupe jouerait un rôle important dans les taux d’infection actuellement plus faibles en Suède. “Il semble que les Suédois aient acquis une certaine immunité contre le virus. Cette immunité, ajoutée aux gestes barrières, suffit pour garder la maladie sous contrôle”, explique M. Sneppen dans le journal Politiken. “L’épidémie pourrait avoir été endiguée”, affirme l’homme. 

Voici l'étude en question.

Attention à un point important : le sens à attribuer au chiffre de "43%". Ce n'est pas qu'il y ait un conditionnel… il y en a plusieurs !

C'est clairement dit dans le résumé de l'article :

À l'aide d'un modèle, nous montrons que l'hétérogénéité des populations peut affecter considérablement l'immunité induite par la maladie, car la proportion d'individus infectés dans les groupes ayant les taux de contact les plus élevés est plus importante que celle des groupes ayant les taux de contact les plus faibles. Nous estimons que si R0 = 2,5 dans une communauté structurée par âge avec des taux de mélange adaptés à l'activité sociale, alors le niveau d'immunité collective induite par la maladie peut être de ~43%, ce qui est sensiblement inférieur au niveau d'immunité collective classique de 60% obtenu par une immunisation homogène de la population. Nos estimations doivent être interprétées comme une illustration de la manière dont l'hétérogénéité de la population affecte l'immunité collective plutôt que comme une valeur exacte ou même une meilleure estimation.

Ce modèle est une illustration d'un phénomène potentiel qui n'a pas été constaté, mais dont les auteurs entendent montrer en prenant un exemple qu'il devrait exister.

S'ils ont raison - l'épreuve du monde réel reste à passer tout de même - alors le taux d'infection nécessaire pour parvenir à l'immunité collective pourrait être "sensiblement" plus bas que celui qui découle de la seule prise en compte du facteur R0 - c'est-à-dire 100% - (1 / R0)

Le chiffre de "43%" il ne faut pas le retenir. Il est seulement illustratif.

Quelques extraits supplémentaires issus du corps de l'article :

Nous avons classé une communauté en six groupes d'âge et nous avons ajusté les taux de contact dérivés d'une étude empirique des contacts sociaux

"Etude empirique", ça veut dire à peine mieux que du doigt mouillé. Ce qui, certes, est mieux que rien. De là à parler de calcul fiable...

Ici, nous adoptons une approche plus simple et classons les individus en trois niveaux d'activité différents, qui sont arbitraires et choisis à des fins d'illustration : 50% de chaque tranche d'âge ont une activité normale, 25% ont une activité faible correspondant à deux fois moins de contacts que l'activité normale, et 25% ont une activité élevée correspondant à deux fois plus de contacts que l'activité normale

"Arbitraire", ça ce n'est pas du doigt mouillé. C'est bien pire. Ca ne veut d'ailleurs pas dire que c'est n'importe quoi, c'est simplement un moyen d'étudier de manière théorique "ce qui se passerait si". Ce ne serait problématique que si les auteurs ne signalaient pas la chose, mais ils le signalent bien sûr (en d'autres termes : l'étude n'a pas été signée par Didier Raoult :tongue:)

 

 

il y a 7 minutes, Akhilleus a dit :

https://www.nature.com/articles/s41598-020-72611-5

Du coup pas sur que vous ayez l'article entier .....

Ce lien donne bien accès à l'article entier.

Je n'ai pas le temps de lire la totalité, mais si j'en crois les courbes de la figure 3 le modèle présenté donne des résultats assez optimistes, avec une décroissance des nouvelles contaminations qui serait déjà entamée avant la mi-octobre.

D'un autre côté, ce modèle donne un profil des nouvelles contaminations détectées en France qui ne correspond pas trop à l'observation actuelle, avec + de 20 000 contaminations quotidiennes alors que nous sommes à 13 000 et une montée de ce nombre plus "pentue" que ce qui est observé. Même souci pour les valeurs de R : le modèle les prévoit aux alentours de 0,8 actuellement, alors que nous restons au-delà de 1 suivant les chiffres de Santé Publique France.

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Il y a 2 heures, Akhilleus a dit :

https://www.nature.com/articles/s41598-020-72611-5

Du coup pas sur que vous ayez l'article entier .....

J'ai pas regardé le détail de l'article mais, le graphique de l'étude pour la France nous montre au plus fort de la crise au printemps, environs 27k cas par semaine. Puis un pic proche de ce qu'on avait connu quelque mois plus tot pour fin sept/début oct.

Je suis très perplexe sur le sérieux de cette projection.

D'abord est ce qu'il s'agit d'une projection du nombre réel d'infection ou du nombre de cas confirmé ? Parce que ce n'est absolument pas la même chose et dans un cas comme dans l'autre, les projections sont fausses.

D'abord si c'est le nombre réel de cas, je peux affirmer avec certitude que le nombre de cas avait été très très largement au dessus, plutôt proche de 100 000 cas par jours selon une étude. 

Si c'est pour le nombre de cas confirmé par les tests, alors l'intérêt est déjà discutable, de plus, nous sommes déjà aujourd'hui à environ 70 000 cas par semaine depuis peu. Ca dépasse aussi largement la courbe de la projection.

Enfin, je pense personnellement que même s'il y a une augmentation de contamination, nous allons assistez à une augmentation plus graduelle que ce que la France avait connu lors du printemps grâce au port de masque et autre mesure qui ont été prise.
Et pour la partie de la baisse du nombre d'infection au printemps, il ne faut pas oublié qu'il y a eu un confinement, ce qui nous avait permis de faire baisser ce taux d'infection rapidement. Ce qui ne semble pas se dessiner aujourd'hui pour la suite. Donc je doute très sérieusement que la partie baisse du nombre d'infection ressemble aux graphiques présentés.

 

41598_2020_72611_Fig3_HTML.png?as=webp

 

 

Modifié par koojisensei2
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Citation

J'ai pas regardé le détail de l'article

C'est bien le problème

Du coup tu discutes (et critiques) une représentation que tu n'as pas compris

C'est bien ce que je reproches à un paquet de tes interventions

Merci de lire les données et d'essayer de les comprendre, tu auras la réponse à tes remarques à l'intérieur ....

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https://www.gazettelabo.fr/breves/10261Europe-modelisation-evolution-deuxieme-vague-Covid19.html

Europe : modélisation de l’évolution d'une deuxième vague du Covid-19

Second wave COVID 19 pandemics in Europe: a temporal playbook. Giacomo Cacciapaglia, Corentin Cot & Francesco Sannino. Le 23 septembre 2020, Scientific Reports. DOI : https://www.nature.com/articles/s41598-020-72611-5

Deux scientifiques de l’IP2I (CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1), en collaboration avec un chercheur de l’Université du Sud du Danemark et de l’Université Federico II de Naples, ont développé une nouvelle modélisation mathématique, inspirée par la physique des hautes énergies, pour prédire les prochaines vagues liées à la pandémie de Covid-19. L’extension à l’épidémiologie de cette technique, appelée groupe de renormalisation1, très utilisée en physique des particules et en physique de la matière condensée, donne un modèle mathématique capable de caractériser l’évolution de la pandémie à travers les territoires européens. Leurs simulations, effectuées sur la base des taux d'infection et des déplacements à l'intérieur et entre les pays européens entre mars et juillet 2020, suggèrent qu'une deuxième vague en Europe pourrait se produire entre juillet 2020 et janvier 20212. Il n’est pas possible de prédire l’ampleur de cette deuxième vague ni quand le prochain pic d’infection aura exactement lieu en France. (*) Néanmoins, les simulations effectuées soulignent l’importance des comportements humains pour ralentir la pandémie. Selon ces travaux, le moment précis des pics des taux d'infection pour chaque pays pourrait être contrôlé par le biais de la distanciation sociale, du contrôle des « clusters » locaux et des mesures de contrôle aux frontières. Cette étude est publiée le 23 septembre 2020 dans Scientific Reports.

Pour aller plus loin : les auteurs ont modélisé la dynamique temporelle d'une deuxième vague pour de nombreux pays d'Europe et ont créé une simulation vidéo du moment où une deuxième vague est susceptible de culminer dans chaque pays. Cette animation est le résultat de plusieurs simulations de la deuxième vague. Les chercheurs supposent que les pays pris en compte adopteront pour la deuxième vague des mesures similaires à celles de la première
(*) et que l'immunité de groupe est faible, voire inexistante. Les simulations commencent à la semaine 25. Le fait que certains pays subissent déjà une deuxième vague, à partir du 5 août, est pris en compte.
Pays : Allemagne, Autriche, Belgique, Croatie, Danemark, Espagne, Finlande, France, Grèce, Hongrie, Irlande, Italie, Norvège, Pays-Bas, Pologne, Royaume-Uni, Slovaquie, Suisse, Bosnie, République Tchèque, Portugal, Serbie, Slovénie, Suède.
Codage couleur : L'intensité de la couleur rouge par pays correspond au nombre de nouveaux cas normalisés par pays.
Pour voir la vidéo :
https://www.youtube.com/watch?v=EMqwA8JdNDA

Notes
1.    En physique, la renormalisation consiste à redéfinir certaines constantes relatives à des processus physiques (interaction des particules et des champs, phénomènes critiques tels que les transitions de phase) afin d'éliminer des quantités arbitraires apparaissant dans les calculs. Dans le cas du Covid-19, les scientifiques ont pris en compte le nombre total de personnes infectées (les individus qui ont guéri et ceux qui sont décédés).
2.    Les données relatives aux cas d'infection par COVID-19 en Europe sont extraites du site worldometer.info

(*) c'est moi qui souligne

 

 

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il y a 28 minutes, Wallaby a dit :

Leurs simulations, effectuées sur la base des taux d'infection et des déplacements à l'intérieur et entre les pays européens entre mars et juillet 2020, suggèrent qu'une deuxième vague en Europe pourrait se produire entre juillet 2020 et janvier 20212. Il n’est pas possible de prédire l’ampleur de cette deuxième vague ni quand le prochain pic d’infection aura exactement lieu en France.

Je comprend mieux. L'étude indique que finalement, ils ne connaissent ni la date, ni l'ampleur.  Il y a une projection mais il ne faut pas en tenir compte. :laugh:

il y a 28 minutes, Wallaby a dit :

Les chercheurs supposent que les pays pris en compte adopteront pour la deuxième vague des mesures similaires à celles de la première (*) et que l'immunité de groupe est faible, voire inexistante. Les simulations commencent à la semaine 25. Le fait que certains pays subissent déjà une deuxième vague, à partir du 5 août, est pris en compte.

Je comprend mieux pourquoi la deuxième vague ressemble trait pour trait à la première vague.

Je me demande s'il est vraiment nécessaire de faire une étude avec des chercheurs pour pondre ce genre de conclusion. 

En conclusion, on ne sait pas quand, on ne connait pas la gravité, mais s'il y a une deuxième vague avec des conditions semblable à la première, il y aura des conséquences semblables. :biggrin: 

Quand je pense que c'est publié dans al revue nature...

 

Modifié par koojisensei2
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il y a 13 minutes, koojisensei2 a dit :

Je comprend mieux. L'étude indique que finalement, ils ne connaissent ni la date, ni l'ampleur.  Il y a une projection mais il ne faut pas en tenir compte. :laugh:

Je comprend mieux pourquoi la deuxième vague ressemble trait pour trait à la première vague.

Je me demande s'il est vraiment nécessaire de faire une étude avec des chercheurs pour pondre ce genre de conclusion. 

En conclusion, on ne sait pas quand, on ne connait pas la gravité, mais s'il y a une deuxième vague avec des conditions semblable à la première, il y aura des conséquences semblables. :biggrin: 

Quand je pense que c'est publié dans al revue nature...

 

Ca veut surtout dire que maintenant il y a un modèle numérique pour prédire ce que deviendra la seconde vague. Il est suffisamment conforme à la première pour être utilisé sur la seconde.

Probablement qu'il va falloir l'enrichir avec des données complémentaires mais c'est un bon outil prédictif.

Ben voilà c'était prévu : on commence par les déprogrammations :

https://www.lesechos.fr/monde/enjeux-internationaux/en-direct-jeudi-24-septembre-coronavirus-le-point-sur-la-situation-en-france-et-dans-le-monde-1248372

La direction de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) a annoncé être « contrainte d'effectuer de premières déprogrammations » d'opérations chirurgicales « à compter de ce week-end », face à l'afflux de malades dans ses services de réanimation.

Le nombre de « patients Covid » admis en réanimation à l'AP-HP est passé de 50 début septembre à 132 mercredi et devrait dépasser 200 à la fin du mois, a précisé le directeur adjoint, François Crémieux, ajoutant que « l'enjeu des 15 prochains jours sera de ne pas devoir passer à 50 % d'opérations déprogrammées ».

Pour ceux qui ne voient pas le rapport avec le COVID, le but est de libérer des places en réa et surtout du personnel. La méthode fermer les block opératoires.

Le problème est de séparer la réa covid des réa non covid. Reste que les accidents de la route vont devenir difficile à traiter.

 

Modifié par herciv
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il y a 6 minutes, herciv a dit :

Ca veut surtout dire que maintenant il y a un modèle numérique pour prédire ce que deviendra la seconde vague. Il est suffisamment conforme à la première pour être utilisé sur la seconde.

Probablement qu'il va falloir l'enrichir avec des données complémentaires mais c'est un bon outil prédictif.

Faudra voir ce que donne la prédiction mais je ne suis pas particulièrement confiant si pour la première vague, le modèle numérique nous calcule un pic de 27 000 cas hebdomadaire. 

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il y a 4 minutes, koojisensei2 a dit :

Faudra voir ce que donne la prédiction mais je ne suis pas particulièrement confiant si pour la première vague, le modèle numérique nous calcule un pic de 27 000 cas hebdomadaire. 

Lis ce p**tain d'article au lieu de critiquer au doigt mouillé................

Sérieux tes posts mériteraient un unlike tellement ils sont caricaturaux de ce qui se passe dans la société (je donne mon avis sur tout et surtout un truc que je n'ai ni creusé, ni compris, ni même visiblement lu....)

 

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il y a 5 minutes, koojisensei2 a dit :

Faudra voir ce que donne la prédiction mais je ne suis pas particulièrement confiant si pour la première vague, le modèle numérique nous calcule un pic de 27 000 cas hebdomadaire. 

Quand on veut critiquer un modèle de données, le problème principal c'est de disposer des données ayant permis de le mettre au point. Dit autrement es-tu bien sûr d'avoir lu tous les liens données dans l'article ? J'ai personnellement un doute parce que pour moi il aurait fallu au minimum plusieurs heures. Je ne doute pas de tes talents scientifiques mais comprendre cet article sans connaissance médicale particulière me semble étonnant en juste quelques minutes.

Modifié par herciv
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il y a 5 minutes, koojisensei2 a dit :

Faudra voir ce que donne la prédiction mais je ne suis pas particulièrement confiant si pour la première vague, le modèle numérique nous calcule un pic de 27 000 cas hebdomadaire. 

Pourquoi ?

Les données de Santé Publique France donnaient, au plus fort de la vague du printemps, un peu moins de 30000 cas pour la semaine N°14. Dans les grosses mailles, ça colle, non ?

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il y a 17 minutes, koojisensei2 a dit :

Faudra voir ce que donne la prédiction mais je ne suis pas particulièrement confiant si pour la première vague, le modèle numérique nous calcule un pic de 27 000 cas hebdomadaire. 

 

il y a 13 minutes, Akhilleus a dit :

Lis ce p**tain d'article au lieu de critiquer au doigt mouillé................

koojisensei2 ... je te conseille d'adopter une autre posture.

Depuis des semaines que tu nous en abreuves tes prévisions à la mord moi le nœud commencent à devenir lassantes ... Comme la plupart d'entre nous ici tu n'y connais rien en matière d'infectiologie, de mesures sanitaires ou de statistiques et te contentes comme nous de subir une actualité sanitaire particulièrement complexe. Donc je te le répète tu changes de discours ou tu iras exercer tes talents de Mme Irma plus loin.

Ai-je été assez clair ?

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il y a 2 minutes, pascal a dit :

koojisensei2 ... je te conseille d'adopter une autre posture.

Depuis des semaines que tu nous en abreuves tes prévisions à la mord moi le nœud commencent à devenir lassantes ... Comme la plupart d'entre nous ici tu n'y connais rien en matière d'infectiologie, de mesures sanitaires ou de statistiques et te contentes comme nous de subir une actualité sanitaire particulièrement complexe. Donc je te le répète tu changes de discours ou tu iras exercer tes talents de Mme Irma plus loin.

Ai-je été assez clair ?

Donc, je dois changer de posture car mon avis n'est pas en accord avec la votre ? :dry: 

 

il y a 21 minutes, FATac a dit :

Pourquoi ?

Les données de Santé Publique France donnaient, au plus fort de la vague du printemps, un peu moins de 30000 cas pour la semaine N°14. Dans les grosses mailles, ça colle, non ?

Le nombre de cas confirmé ne représente qu'une fraction du nombre réel de contamination.

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Citation

Donc, je dois changer de posture car mon avis n'est pas en accord avec la votre ?

Non

Tu dois changer de posture parceque tu balances des "avis" peremptoires sur du vide

L'exemple étant flagrant sur les 2 dernières pages.

Comme je suis "gentil" je vais te traduire la partie de l'article qui te chagrines

Citation

À titre d'exemple de nos pronostics pour les pays restants, nous montrons sur la figure 3 la dynamique épidémique de la première et de la deuxième vague pour trois représentants: l'Italie, la France et le Royaume-Uni. Le panneau supérieur montre le nombre de cas infectés non normalisés par million. Le panneau central montre le nombre de nouveaux cas infectés tandis que le panneau inférieur affiche une estimation du taux de reproduction effectif R. Le nombre de cas récupérés R (t)

est calculé en résolvant l'équation suivante inspirée du SIR7:
dRdt = ϵ (eα (t) −R (t)),
(2)

où on fixe le taux de récupération ϵ = 0,1
dans les solutions numériques. Le taux de reproduction effectif R est estimé en calculant le rapport des nouveaux cas infectés sur les nouveaux récupérations au sein de la population sensible, à partir du modèle théorique. La population sensible est ici définie comme le nombre total de personnes infectées tardivement pour les première et deuxième vagues indépendamment. Un résultat plus précis pourrait être obtenu en utilisant une approche eRG généralisée10, au détriment de l'introduction de plus de paramètres. Les graphiques sont obtenus en utilisant les simulations du cas (e). Notez que nous avons utilisé les mêmes γ et a issus de la première vague d'ajustement avec l'erreur principale sur la courbe dérivant de permettre une variation de 10% pour les taux d'infection γ. On peut également modifier les valeurs de a, ce qui ne modifiera pas l’image temporelle générale et la tendance de la deuxième vague de pandémie.

Donc la simulation s'est basée sur les données publiées (voir le message de FATAC, que tu sois d'accord ou pas avec) avec un taux d'erreur possible de 10% correctible sous peine de rentrer plus de paramètres et de compliquer l'analyse

Le reste de l'article est à l'avenant et explique tout

Mais toi tu nous casses les pieds sur un chiffre que tu sors d'un graphique que tu n'as même pas pris la peine d'essayer de comprendre

Ca s'appelle polluer un fil et faire le troll ....

 

Citation

Le nombre de cas confirmé ne représente qu'une fraction du nombre réel de contamination.

On sen fout. Pour un modèle mathématique on se base sur des données publiées pas sur un "ressenti" personnel, une boule de cristal ou du marc de café

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il y a 55 minutes, herciv a dit :

Il est suffisamment conforme à la première pour être utilisé sur la seconde.

Par définition, une simulation colle aux données connues qu'on y introduit. C'est la moindre des choses. Un modèle ne va pas s'amuser à falsifier les données qu'on lui a fournies.

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il y a 17 minutes, koojisensei2 a dit :

Le nombre de cas confirmé ne représente qu'une fraction du nombre réel de contamination.

Certes. Et alors ?

C'était, c'est et ce sera la seule métrique disponible. Donc on ne peut que se baser dessus.

On peut, en mouillant plus ou moins le doigt, se dire qu'il y a en réalité 2x, 5x ou 10x plus de cas, pourquoi pas. Mais l'estimation de cas de la deuxième vague se doit d'être comparable, dans la métrique, avec les données de la première vague. Donc tu peux remouiller l'appendice digital pour le pondérer du même facteur 2x, 5x ou 10x. Cela ne change rien à la qualité du résultat, ni à la dynamique d'évolution des chiffres.

Le doigt mis dans l'oeil en ressort toujours mouillé ... ça vaut ce que ça vaut ...

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il y a 1 minute, FATac a dit :

Certes. Et alors ?

C'était, c'est et ce sera la seule métrique disponible. Donc on ne peut que se baser dessus.

On peut, en mouillant plus ou moins le doigt, se dire qu'il y a en réalité 2x, 5x ou 10x plus de cas, pourquoi pas. Mais l'estimation de cas de la deuxième vague se doit d'être comparable, dans la métrique, avec les données de la première vague. Donc tu peux remouiller l'appendice digital pour le pondérer du même facteur 2x, 5x ou 10x. Cela ne change rien à la qualité du résultat, ni à la dynamique d'évolution des chiffres.

Le doigt mis dans l'oeil en ressort toujours mouillé ... ça vaut ce que ça vaut ...

Je dis plus rien sur ce fil. 

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il y a 1 minute, Wallaby a dit :

Par définition, une simulation colle aux données connues qu'on y introduit. C'est la moindre des choses. Un modèle ne va pas s'amuser à falsifier les données qu'on lui a fournies.

Pfff

Il y'a des cours de science qui se sont perdu en route

La simulation ne colle pas aux données connues, elle s'en sert

C'est le résultat de la simulation qui doit coller aux données de terrain

Le modèle est basé sur les données de la première vague, normal qu'il y colle puisque ce sont les données de départ

Ce qui est important c'est que les résultats de la simulation (modèle mathématique crée à partir des données de la première vague) collent à l'évolution de ce qui est observable avec la seconde vague au moins jusqu'au 30 aout. Si il y'a digression (possible vu l'accélération de la transmission en France) il faudra réajuster le modèle

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