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Coronavirus - Covid 19


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il y a 49 minutes, Akhilleus a dit :

Mauvaise nouvelle, pour l'instant pour les américains

Le SARS CoV2 circule activement dans les populations de cerfs de Virginie ce qui est en passe de transformer ces bestiaux en réservoir (transmission horizontale entre individus mais aussi verticale des mères aux faons avec peu de symptomes semble t-il)

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/11/07/etats-unis-diffusion-massive-du-sars-cov-2-parmi-les-cerfs-potentiel-reservoir-du-coronavirus/

 

Du coup si le chainon manquant de transmission était a chercher parmi les cervidés ?

Ca fait combien de réservoir identifier pour le virus avec celui ci ?

Ca va pas être coton de contrôler la propagation si les réservoirs se multiplient sur différents points géographique.

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il y a 10 minutes, Nec temere a dit :

Ca fait combien de réservoir identifier pour le virus avec celui ci ?

Ca va pas être coton de contrôler la propagation si les réservoirs se multiplient sur différents points géographique.

Ama on est parti pour rien controler du tout....

Il va falloir attendre que l'on passe au stade endémique cad une circulation normale constante dans la population

 

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il y a une heure, Akhilleus a dit :

Mauvaise nouvelle, pour l'instant pour les américains

Le SARS CoV2 circule activement dans les populations de cerfs de Virginie ce qui est en passe de transformer ces bestiaux en réservoir (transmission horizontale entre individus mais aussi verticale des mères aux faons avec peu de symptomes semble t-il)

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/11/07/etats-unis-diffusion-massive-du-sars-cov-2-parmi-les-cerfs-potentiel-reservoir-du-coronavirus/

 

Du coup si le chainon manquant de transmission était a chercher parmi les cervidés ?

Les chasseurs ont commencés à les vacciner

Première dose pour lui

wild-deer.jpg?width=990&auto=webp&qualit

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Vaccin Valneva : quand en France, efficacité, composition

https://sante.journaldesfemmes.fr/fiches-maladies/2738049-valneva-vaccin-francais-covid-quand-france-efficacite-composition-effet-secondaire-disponibilite/

Le laboratoire franco-autrichien Valneva a développé le seul vaccin à virus inactivé contre le Covid-19. S'il est validé par l'Agence européenne du médicament, la France pourrait en commander 27 millions de doses en 2022. Quel est son principe ? Son efficacité ? Sa composition ? Sa disponibilité ? Questions-réponses.

[...]

Cet accord doit être conclu "après un examen final, portant notamment sur les volumes requis, par chacun des États membres de l'Union européenne", a précisé Valneva dans un communiqué. La livraison du vaccin est actuellement prévue pour avril 2022, sous réserve de son homologation par l'Agence européenne des médicaments (EMA).La phase 3 des essais cliniques est toujours en cours.

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Le 09/11/2021 à 21:46, Jésus a dit :

Les chasseurs ont commencés à les vacciner

HS donc en masqué:

Révélation

Blague à part c'est une narration que je crains vu le climat politique, surtout en Virginie justement... du fait de l'actualité. "Les chasseurs et leurs armes à feu responsables de la transmission du Covid du cerf à l'homme", je le sens arriver à des km...

 

Le 09/11/2021 à 21:46, Jésus a dit :

Première dose pour lui

wild-deer.jpg?width=990&auto=webp&qualit

...Et par contre la chasse à l'arc c'est vraiment un truc de brêle...

Le but à l'origine c'est de ne pas faire souffrir inutilement l'animal!

Le choc hydrostatique d'un projectile d'arme à feu dispersant toute son énergie dans la cible (après avoir champignonné) remplit ce rôle, mais ce n'est pas le cas d'une flèche. Raison pour laquelle chasser à la balle chemisée/blindée est par ailleurs interdit.

Bref, l'image est assez triste.

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Normalement on utilise des pointes de flèches spécifiques pour la chasse ... des lames qui produisent une forte hémorragie, l'animal perd connaissance vraiment tres rapidement.

Sur l'image on a l'impression que la pointe et un modèle pour tir sur cible ... complétement inadapté pour la chasse. A priori c'est de la malveillance...

https://www.independent.co.uk/news/world/americas/oregon-police-wild-deer-shoot-arrows-shady-cove-portland-hunting-animal-cruelty-a8329511.html

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il y a 3 minutes, g4lly a dit :

J'aime bien l'humour, mais je trouve qu'il y a des sujets pour lesquels c'est trop grave : combien d'abrutis vont colporter ça sans regarder la source... ? :mellow:

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il y a 43 minutes, Delbareth a dit :

J'aime bien l'humour, mais je trouve qu'il y a des sujets pour lesquels c'est trop grave : combien d'abrutis vont colporter ça sans regarder la source... ? :mellow:

Surtout des politiques ... :biggrin:

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Le 12/11/2021 à 07:40, Patrick a dit :

HS donc en masqué:

  Révéler le contenu masqué

Blague à part c'est une narration que je crains vu le climat politique, surtout en Virginie justement... du fait de l'actualité. "Les chasseurs et leurs armes à feu responsables de la transmission du Covid du cerf à l'homme", je le sens arriver à des km...

 

...Et par contre la chasse à l'arc c'est vraiment un truc de brêle...

Le but à l'origine c'est de ne pas faire souffrir inutilement l'animal!

Le choc hydrostatique d'un projectile d'arme à feu dispersant toute son énergie dans la cible (après avoir champignonné) remplit ce rôle, mais ce n'est pas le cas d'une flèche. Raison pour laquelle chasser à la balle chemisée/blindée est par ailleurs interdit.

Bref, l'image est assez triste.

 

Le 12/11/2021 à 07:50, g4lly a dit :

Normalement on utilise des pointes de flèches spécifiques pour la chasse ... des lames qui produisent une forte hémorragie, l'animal perd connaissance vraiment tres rapidement.

Sur l'image on a l'impression que la pointe et un modèle pour tir sur cible ... complétement inadapté pour la chasse. A priori c'est de la malveillance...

https://www.independent.co.uk/news/world/americas/oregon-police-wild-deer-shoot-arrows-shady-cove-portland-hunting-animal-cruelty-a8329511.html

 

Ce que le gars qui a fait ça mériterait...

Révélation

 

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FEP-Based Large-Scale Virtual Screening for Effective Drug Discovery against COVID-19

https://sc21.supercomputing.org/presentation/?id=gbv105&sess=sess249

Citation

As a theoretically rigorous and accurate method, FEP-ABFE (Free Energy Perturbation-Absolute Binding Free Energy) calculations showed great potential in drug discovery, but its practical application was difficult due to high computational cost. To rapidly discover antiviral drugs targeting SARS-CoV-2 Mpro and TMPRSS2, we performed FEP-ABFE-based virtual screening for ∼12,000 protein-ligand binding systems on a new generation of Tianhe supercomputer. A task management tool was specifically developed for automating the whole process involving more than 0.5 million MD tasks. In further experimental validation, 50 out of 98 tested compounds showed significant inhibitory activity towards Mpro, and one representative inhibitor, dipyridamole, showed remarkable outcomes in subsequent clinical trials. This work not only demonstrates the potential of FEP-ABFE in drug discovery, but also provides an excellent starting point for further development of anti-SARS-CoV-2 drugs. Besides, ∼500 TB of data generated in this work will also accelerate the further development of FEP-related methods.

L'un des molécules sélectionnés par la méthode est le Dipyridamole. Des essais cliniques sur les cas COVID-19 ont été réalisés.

Henri K.

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https://www.smh.com.au/world/north-america/three-beloved-snow-leopards-died-of-covid-19-complications-at-nebraska-zoo-20211114-p598tg.html

Trois léopards des neiges sont morts de complications liées au COVID-19 dans un zoo de Lincoln, dans le Nebraska, malgré les efforts du personnel pour les rétablir après qu'ils aient été testés positifs au virus il y a environ un mois, selon les annonces du zoo.

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Il me semble qu'un des enjeux futurs de la santé public souvent discuté en épidémiologie se jouais aux niveaux de l'imbrication des populations humaines (premier réservoir) avec une multitude de population animal (réservoir secondaire) se qui à pour conséquence de rendre très compliqué l'éradication ou même simplement l'endiguement d'une bactérie ou d'un virus. 

Et visiblement la question du nombre de réservoir secondaire semble un peu futile maintenant.

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Propagation comparée de la cinquième vague dans différents pays d'Europe.

Attention la météo pourrait être une facteur faisant penser que le risque est moindre pour les pays du Sud. Mais le risque pourrait être non négligeable.

La Belgique pourtant très vaccinée est touchée.

Dernier point à la limite on s'en .... Ce qui compte c'est la saturation des hôpitaux, c'est-à-dire la capacité à traiter les cas grave.

https://www.lefigaro.fr/sciences/pourquoi-l-europe-fait-face-a-un-regain-de-l-epidemie-20211115

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il y a 18 minutes, herciv a dit :

Propagation comparée de la cinquième vague dans différents pays d'Europe.

Attention la météo pourrait être une facteur faisant penser que le risque est moindre pour les pays du Sud. Mais le risque pourrait être non négligeable.

La Belgique pourtant très vaccinée est touchée.

Dernier point à la limite on s'en .... Ce qui compte c'est la saturation des hôpitaux, c'est-à-dire la capacité à traiter les cas grave.

https://www.lefigaro.fr/sciences/pourquoi-l-europe-fait-face-a-un-regain-de-l-epidemie-20211115

Très intéressant cet "index de sévérité" des mesures sanitaires. On peut d'ailleurs trouver une synthèse mondiale depuis le début de la pandémie.

https://ourworldindata.org/grapher/covid-stringency-index?time=2021-11-15

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Il faut se méfier de l'utilisation du taux brut de vaccination je crois pour comparer les pays. En effet, les chances d'avoir un COVID grave sont très dépendantes de l'âge et des comorbidités. 73% des morts en France avait plus de 75 ans alors qu'ils constitue moins de 15% de la population. Donc le taux de vaccination de cette population aura des effets bien plus grands sur le nombre d'hospitalisation et de morts que le taux de vaccination sur la population totale ou sur les adultes. 

https://fr.statista.com/statistiques/1104103/victimes-coronavirus-age-france/

En France, on plafonne vers 90% même pour cette catégorie de la population. Donc malgré la tragi-comédie du pass vaccinal, on n'est pas encore au bout du chemin et il y a encore des marges d'améliorations alors que l'on lance pourtant la troisième dose probablement utile mais moins qu'une première dose (on est plus en pénurie, on peut faire les deux en même temps ceci dit).

En Espagne par exemple, ils ont réussi à vacciner près de 100% de leurs seniors (et sans faire de vagues).

D'ailleurs si on se mettait à vacciner les moins de 11 ans, cela n'aurait probablement aucun effet sur les courbes d'hospitalisation et de morts.

 

A un moment, je proposais de calculer un taux de vaccination pondéré de la population avec le taux de protection suivant le nombre de doses car on avait l'exemple anglais qui considérait qu'il valait mieux vacciner plus de monde avec une dose protégeant de 50% que moins avec deux doses protégeant de 80%, ce qui peut se justifier.

Il faudrait donc maintenant calculer un taux de protection pondéré par l'âge des vaccinés par exemple si on veut pouvoir estimer l'effet réel de la vaccination sur els cas graves. 

 

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il y a 32 minutes, Deres a dit :

Il faut se méfier de l'utilisation du taux brut de vaccination je crois pour comparer les pays. En effet, les chances d'avoir un COVID grave sont très dépendantes de l'âge et des comorbidités. 73% des morts en France avait plus de 75 ans alors qu'ils constitue moins de 15% de la population. Donc le taux de vaccination de cette population aura des effets bien plus grands sur le nombre d'hospitalisation et de morts que le taux de vaccination sur la population totale ou sur les adultes. 

https://fr.statista.com/statistiques/1104103/victimes-coronavirus-age-france/

En France, on plafonne vers 90% même pour cette catégorie de la population. Donc malgré la tragi-comédie du pass vaccinal, on n'est pas encore au bout du chemin et il y a encore des marges d'améliorations alors que l'on lance pourtant la troisième dose probablement utile mais moins qu'une première dose (on est plus en pénurie, on peut faire les deux en même temps ceci dit).

En Espagne par exemple, ils ont réussi à vacciner près de 100% de leurs seniors (et sans faire de vagues).

D'ailleurs si on se mettait à vacciner les moins de 11 ans, cela n'aurait probablement aucun effet sur les courbes d'hospitalisation et de morts.

 

A un moment, je proposais de calculer un taux de vaccination pondéré de la population avec le taux de protection suivant le nombre de doses car on avait l'exemple anglais qui considérait qu'il valait mieux vacciner plus de monde avec une dose protégeant de 50% que moins avec deux doses protégeant de 80%, ce qui peut se justifier.

Il faudrait donc maintenant calculer un taux de protection pondéré par l'âge des vaccinés par exemple si on veut pouvoir estimer l'effet réel de la vaccination sur els cas graves. 

 

Dans ton raisonnement, tu oublies que le vaccin a aussi un effet sur la transmission. C'est moins que la protection contre les formes graves, mais on parle quand même de 60%. Donc ton virus va beaucoup moins se propager au sein d'une population vaccinée qu'au sein d'une population non-vaccinée.

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il y a 4 minutes, Delbareth a dit :

Dans ton raisonnement, tu oublies que le vaccin a aussi un effet sur la transmission. C'est moins que la protection contre les formes graves, mais on parle quand même de 60%. Donc ton virus va beaucoup moins se propager au sein d'une population vaccinée qu'au sein d'une population non-vaccinée.

Oui je suis d'accord, mais c'est assez théorique et on ne le constate pas très nettement dans les faits, du moins pas à ces niveaux (exemple d'Israël ou du RU où c'est assez clair). C'est pour cela que je ne parle pas du nombre de cas mais uniquement des cas graves où les tendances me semblent plus nettes. Après, il faut aussi voir que la transmission est aussi beaucoup impactée par les comportements sociaux (vacances, télétravail, masques, ..) qui peuvent varier dans le temps et le nombre de cas asymptomatique par le nombre de tests (surtout avec le pass sanitaire cet été) donc c'est difficile de faire la part des choses. J'ajoute que je fais aussi très attention sur ce sujet car le nombre de cas est l'homme de paille de ceux qui prétendent que le vaccin est inefficace ...

J'ai aussi l'impression qu'une partie de l'affirmation cet été que le variant delta était plus contagieux mais moins dangereux venait peut être aussi de la surprise de constater que les vaccins bien qu'efficaces contre les formes graves n'empêchait pas la transmission sous forme légère de façon aussi marqué. Mais il me semble que dès le début les études d'efficacité des vaccins s'intéressaient surtout au morts et aux formes graves, l'effet sur la transmission étant juste une déduction raisonnable. Cela serait donc peut être une caractéristique des vaccins plutôt qu'une caractéristique du variant delta. 

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il y a 34 minutes, Deres a dit :

Oui je suis d'accord, mais c'est assez théorique et on ne le constate pas très nettement dans les faits, du moins pas à ces niveaux (exemple d'Israël ou du RU où c'est assez clair). C'est pour cela que je ne parle pas du nombre de cas mais uniquement des cas graves où les tendances me semblent plus nettes. Après, il faut aussi voir que la transmission est aussi beaucoup impactée par les comportements sociaux (vacances, télétravail, masques, ..) qui peuvent varier dans le temps et le nombre de cas asymptomatique par le nombre de tests (surtout avec le pass sanitaire cet été) donc c'est difficile de faire la part des choses. J'ajoute que je fais aussi très attention sur ce sujet car le nombre de cas est l'homme de paille de ceux qui prétendent que le vaccin est inefficace ...

L'efficacité des vaccins contre la transmission est clairement plus difficile à évaluer que contre les formes graves.

Un truc qui s'en rapproche, sans être toutefois exactement ça, c'est la comparaison des taux de positivité entre vaccinés et no-vaccinés. Je m'étais amusé à regarder les données du DREES qui permet d'avoir les statistiques des tests et autres en fonction de l'âge et du statut vaccinal. En fait je voulais vérifier les dires de "reinfocovid" qui avait produit un graphique sur le taux de positivité par classe d'âge et disait que les vieux n'avaient plus aucune immunité et étaient même fragilisés par rapport à la population non-vaccinée.

Leur graphique c'était ça :

IR1naqS.png

Et moi j'ai obtenu ça (j'ai mis aussi la semaine 22 et 33) :

spacer.png

On voit bien une baisse de "l'immunité" chez les vieux, qui actuellement vaut pas beaucoup plus que chez les non-vaccinés. Cela dit je sais pas si ça voudrait dire qu'ils finiraient autant à l'hôpital. Et chez les moins de 60 ans, ça tient encore un peu le coup.

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il y a 16 minutes, g4lly a dit :

C'est bizarre d'utiliser le taux de positivité... Puisqu'il concerne essentiellement les gens qui ont des fortes probabilités d'être contaminé puis qu'ils ne se font pas tester juste pour le fun?!

Au contraire, avec le pass sanitaire, ce n'était pas le cas la semaine 33 (du 15 août) car le taux de vaccination était encore bas dans la population générale et beaucoup devait encore faire des tests avant des déplacements. Pareil semaine 22 (29 mai), la valeur étonnante pour les 0-19 ans vient probablement du fait qu'à cette époque, les jeunes vaccinés était très très peu nombreux et seulement des gens très vulnérables (genre cancéreux ou greffés sous immuno dépresseurs). Il vaut mieux regarder la semaine 43 en tout cas (24 octobre) où les taux de vaccination suivant les âges sont plus homogènes (sauf pour les 0-19 ans).

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Les vieux ne se déplacent pas ... Et étaient déjà largement vacciné en août.

Et pour les 80 ans il y a un biais aussi beaucoup étant vacciné depuis plus de 8 mois ... Et moins réceptif au vaccin.

Le vrai problème c'est qu'on refuse de faire des sérologie systématique... Pour savoir effectivement l'état de protection des vaccinés.

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